入主東阿阿膠之后，華潤又將目光對準了三九醫藥(華潤三九前身)。

　　2004年，三九集團爆發財務危機，被迫進行收縮和重組，2000年上市的三九醫藥(華潤三九前身)也因大股東占用上市公司巨額資金所拖累，步履維艱。

　　2006年12月，華潤作為三九集團潛在戰略投資者提交了三九集團重組方案。2007年7月，國務院國資委[微博]批復同意三九集團資產債務重組的整體安排，由華潤醫藥收購新三九控股有限公司并向其增資至30億元，用于新三九收購三九集團的有效資產。

　　2008年1月，三九集團并入華潤，成為其全資子公司。2010年2月，三九醫藥更名為華潤三九，華潤并購重組三九至此畫上圓滿句號。

　　幾乎與重組三九醫藥同時，華潤又將觸角伸向雙鶴藥業(華潤雙鶴前身)。雙鶴藥業1997年上市，控股股東為北京醫藥集團。北藥集團持股雙鶴藥業48.89%，間接控制萬東醫療(華潤萬東前身)51.51%股份。2006年2月，經國務院國資委批準，華潤總公司參與央企華源集團的重組工作。當年12月，華源生命產業有限公司將其持有的北京醫藥集團50%股權以協議方式轉讓給華潤股份。華潤股份由此持有北藥集團50%股權，從而間接成為雙鶴、萬東兩家上市公司的實際控制人。

　　2012年3月，雙鶴藥業更名為華潤雙鶴，萬東醫療更名為華潤萬東。

　　在華潤醫藥旗下上市公司中，華潤三九抓中成藥和OTC;華潤雙鶴主打注射劑，兼做處方藥和原料藥；東阿阿膠主打阿膠系列保健品。掛靠華潤醫療集團旗下的華潤萬東，則主營醫療器械。