不可否認，大量的政策扶持與財政補貼對中國新能源產業的發展與市場化應用起到了很大的推動作用，但與其它產業發展過程中所經歷的政府干預模式一樣，在新能源產業中，政府扶持特別是財政補貼所導致的一些負面因素亦已開始初露端倪。 
    2010年10月和11月，中國新能源產業發生了兩樁重要事件，一是美國貿易代表辦公室發起了針對中國新能源產業的“301”調查，二是財政部等幾個部門宣布取消了39個“金太陽工程”項目的財政補貼。
    這都給新能源產業發展中存在的“政府之手”敲響了警鐘。財政補貼在多大程度上推動了新能源產業的市場化？如何更有效地利用財政補貼政策，避免導致抑制和扭曲產業的市場化競爭？ 
    大力補貼 
    新能源產業的戰略據高地位毋庸置疑，但由于新能源所面臨著的技術、應用與消費觀念上的現實差距，從世界各國新能源的發展路徑來看，政府無不對從事這些技術研究與市場化應用的研究機構和生產、銷售企業進行一定程度上的財政資金補貼。在中國，亦如此。
    “與國外發達國家相比，中國的新能源產業財政補貼政策力度并不落后，與美國相比，甚至力度更大。”中投顧問高級研究員李勝茂說。
風電、太陽能、電動汽車是目前新能源領域的三大支柱，針對這三個產業鏈的國家扶持主要分為政策扶持和資金扶持兩方面，政策扶持包括稅收減免、土地審批等方面的便利，資金扶持則可分為財政直接補貼、專項基金扶持、銀行貸款貼息等幾種方式。
    在風電方面，2006年1月國家發改委頒布了《可再生能源發電價格和費用分攤管理試行辦法》，明確了可再生能源發電上網電價構成，列出國家補貼幅度，對可再生能源發電價格實行標桿電價加補貼電價的方式。2008年8月，財政部又頒布了《風力發電設備產業化專項資金管理暫行辦法》，安排專項資金支持風力發電設備產業化。
    在太陽能發電方面，2009年3月，財政部、住房和城鄉建設部出臺了《關于加快推進太陽能光電建筑應用的實施意見》。意見指出，中央財政安排專門資金，對符合條件的光電建筑應用示范工程予以補助，以部分彌補光電應用的初始投入。同時，財政部出臺《太陽能光電建筑應用財政補助資金管理暫行辦法》，將補助標準原則上定為20元/Wp(峰瓦)。
    2009年7月，財政部、科技部和國家能源局共同出臺了《金太陽示范工程財政補助資金管理暫行辦法》，重點支持光伏發電站項目的發展。辦法指出，對并網光伏發電項目系統進行50%、獨立發電系統給予70%的補貼。
    在新能源汽車領域，在此之前，國家財政資金對新能源汽車的技術研發已進行了多年的財政支持和補貼。2010年5月，財政部、科技部、工業和信息化部、國家發展改革委聯合出臺《關于開展私人購買新能源汽車補貼試點的通知》，確定在上海、長春、深圳、杭州、合肥等5個城市啟動私人購買新能源汽車補貼試點工作。新能源汽車的財政補貼方案針對消費者和充電設備環節，如純電動汽車最高給予了6萬元的補貼。
   “與美國通過立法的形式對新能源產業進行扶持不同，中國目前的扶持政策更多體現在部門文件的制定上，很多樣化。”李勝茂說。
    除了財政補貼，稅收優惠也是一項間接補貼，2008年9月，財政部、國家稅務總局出臺《關于執行資源綜合利用企業所得稅優惠目錄有關問題的通知》，指出企業自2008年1月1日起以《資源綜合利用企業所得稅優惠目錄》中所列資源為主要原材料，生產《目錄》內符合國家或行業相關標準的產品取得的收入，在計算應納稅所得額時，減按90%計入當年收入總額。